彼は1950年代にキャリアをスタートさせ、ニューアークやニューヨークの地元のグループと演奏し始めました。彼はすぐにホレス・シルバーやメイナード・ファーガソンなどの主要なジャズ・ミュージシャンの注目を集め、アート・ブレイキーやマイルス・デイヴィス、ハービー・ハンコックなどの著名なアーティストと共演するようになりました。
1960年代には、ウェイン・ショーターはマイルス・デイヴィスの有名なクインテットのメンバーとなり、『ESP』、『Miles Smiles』、『Nefertiti』などの重要なアルバムを録音しました。また、『Speak No Evil』や『The All Seeing Eye』などの革新的で創造的なアルバムもリーダーとして録音し、高く評価されました。
1970年代には、ウェイン・ショーターはキーボード奏者のジョー・ザヴィヌルと共に設立したフュージョン・グループ、ウェザー・リポートに参加しました。グループは大きな成功を収め、『Black Market』や『Heavy Weather』などの称賛を受けたアルバムを録音しました。1986年にウェザー・リポートが解散した後、ウェイン・ショーターはソロ・キャリアを追求し、著名なジャズ・ミュージシャンと録音や演奏を続けました。
数十年にわたり、ウェイン・ショーターは、グラミー賞を含む多数の音楽賞や栄誉を受賞しており、また、名誉あるNational Endowment for the Arts Jazz Masters Fellowshipのメンバーでもあり、International Jazz Hall of Fameにも選出されています。